Qua quá trình hình thành và phát triển đến nay Trung tâm Y tế huyện Đăk mil đã có 14 Khoa, Phòng chức năng bao gồm:
– Phòng Tổ chức Hành chính – Kế toán
– Phòng Kế hoạch – Nghiệp vụ
– Phòng Điều dưỡng
– Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS
– Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng – An toàn thực phẩm
– Khoa Khám – Liên chuyên khoa
– Khoa Hồi sức cấp cứu
– Khoa Nội – Nhi – Nhiễm
– Khoa Ngoại tổng hợp
– Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản
– Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng
– Khoa Dược – Trang thiết bị – Vật tư y tế
– Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh
– Khoa Dân số và Phát triển